Giai đoạn này chia làm 2 loại: Thời gian tiềm ẩn dưới 1 năm sau giai đoạn 2 (sớm) và thời gian tiềm ẩn kéo dài hơn 1 năm sau giai đoạn 2 (muộn). Giang mai tiềm ẩn sớm có thể tái phát các triệu chứng bệnh, giang mai tiềm ẩn muộn không có triệu chứng và không lây bằng giang mai tiềm ẩn sớm.

Xuất hiện các Săng giang mai là các vết loét xuất hiện ở những nơi tiếp xúc với xoắn khuẩn giang mai. Các triệu chứng ở giai đoạn này có thể tự biến đi sau 3 đến 6 tuần kể cả không điều trị nên nhiều người tưởng lầm là khỏi bệnh nhưng thực sự là vi khuẩn lúc đó đã vào máu, bệnh vẫn tiếp tục phát triển với những biểu hiện khác.

Xảy ra từ 4 đến 10 tuần sau giai đoạn 1. Các biểu hiện: Ban đối xứng, màu hồng như hoa đào (đào ban) không ngứa, đào ban màu đỏ hồng hoặc hồng tím như cánh hoa đào, ấn vào thì mất, không nổi cao trên mặt da, không bong vảy và tự mất đi. Thường khu trú hai bên mạng sườn, ngực, bụng, chi trên.

Giang mai giai đoạn 3 có thể xảy ra khoảng 3-15 năm sau những triệu chứng của giai đoạn 1 và được chia thành ba hình thức khác nhau: giang mai thần kinh (6,5%), giang mai tim mạch (10%) và củ giang mai (15%). Những người bị bệnh giang mai giai đoạn này không lây bệnh.